离开江宁，明显表示出对定谳结果的不满。曾国藩赠送他二百两白银作为路费，以曾之为人，这已经是很慷慨了，还特意声明这银子出自廉薪。不料郑敦谨一点都不念旧情，分文不取，银子全部退回。倒是随行的两名郎中伊勒通阿、颜士璋每人各自收了一百两银子。郑敦谨离开江宁之时，曾国藩率众地方官员到江边相送。从来喜怒不形于色的郑敦谨一改常态，愤然登船，头也不回地扬帆而去，只留给江宁人一个萧然而苍凉的背影。
离开江宁后，郑敦谨的心绪并非就此平复下来，心头百般复杂滋味，又是痛心，又是惭愧，又是不甘。他到达清江浦后，会见了新任漕运总督张兆栋，便刻意停留了几日。不久，张文祥被凌迟处死的消息传来。郑敦谨勃然变色，声称自己得了重病，要立即回老家长沙去养病，不能回京，只打发两名郎中代他回京交旨，并代他辞官。
郑敦谨是以钦差大臣的身份出京，按照清制，不回京师交旨要重重治罪。两名郎中极力劝阻，却丝毫不得要领。追问郑敦谨辞官的原因，他只答了八个字：“外惭清议，内疚神明。”这句话，正是当日曾国藩处理天津教案不当、招致朝野唾骂之时有感而发的话。
当日，郑敦谨不计后果，坚持坐船回了长沙。他本是带着雄心壮志和朝野上下的殷殷期望而来，然而形势始终比人强，尽管他有“铁面无私”的美誉，却最终不得不无奈地屈服在形势下，唯一能做到的，便是满腔愤懑地离去。郑敦谨历有名绩，《清史稿》对此评论说：“江宁之狱，论者多谓未尽得其情，敦谨未复命，遽解官以去，其亦有所未慊于衷欤？”（《清史稿卷四百二十一》）
慈禧太后知道郑敦谨离开后一度
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