朝廷也极尽隆重之能事——同治皇帝亲赐祭文、碑文；谥“端敏”；恩加太子太保，入贤良祠，以总督阵亡例议恤；在江宁、安庆、杭州、海塘、菏泽等地为其建造专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。如此生荣死哀，实为晚清督抚中前所未有的待遇。但无论如何，随着马毓桢扶柩离开，马氏在两江再没有任何势力。
随后，曾国藩具折奏请为已故督臣马新贻于本籍建祠，奏折中称赞马新贻“家世谨厚，矜式乡闾。生平践履笃实，亦自卓然可传”。曾国藩为人谨慎，从不轻易褒贬人，对一个从来就没喜欢过的人，突然出这番赞语，实在叫人起疑。因为他和他的湘军是刺马案中唯一的受益者，因此也一度被怀疑是刺杀马新贻的主谋。
空前绝后、轰动一时的刺马案以张文祥一人之死落下了帷幕，但流言反而愈演愈烈。朝野议论纷纷，均说刺马一案必定别有隐情，不能公宣于众。从始至终参加会审的孙衣言为马新贻写了一篇神道碑铭，里面写道：“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”公然指责结案太过草率，背后隐情尚未查清。
孙衣言碑铭一出，舆论大哗。然而，即使是慈禧太后，此刻也无力回天。审案已经长达八个月之久，前后介入审讯的官员多达五十余位，依旧是最初模棱两可的结果，再追查下去，局面实在难以预料。只有息事宁人，才是最好的选择。
最令人玩味的是刑部尚书郑敦谨的行为。他在张文祥未明正典刑之前，已经决意
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