同时由于流通型商人没有自己的产业，因此也缺少大局的是非观念，造成他们有奶就是娘的观念，不惜把中国的物资到买给敌对的势力，以赚取厚利，而遇到外敌入侵的时候，往往就是他们最先投靠外敌，这个时代的所谓山西八大皇商，还有后世的一批买办商人都是典型的代表。
商毅当然希望能够尽力改变这种状况，而且也做过不少偿试，他在杭州就开了不少大规模的手工工厂。但尽靠商毅一个人来做是不够的，而且他开的工厂也同样带有很重的官府背景色彩，对推动资本发展也有现，必须把民间的力量都调动起来才行。
因此商毅在制定的商业税中，把对生产作坊或工厂实行减税，做为了一条十分重要的规定。将生产作坊或工厂分为五个等级规模，做为减税的标准。生产作坊或工厂的等级规模越大，减税的比例也就越大，最大的生产作坊，允许达到两千人以上，而减税率也达到了四成。
主要的目地就在于希望利用税收的调整，来限制流通型的商人，而鼓励他们转型成为生产型的商人，这才是最重要的一步。当然对生产作坊的管理、注册、生产调控、收税方式和标准，也有一套十分详细的规定，以防止生产作坊或工厂为了获得高的减税率，而虚假的扩展生产规模。另外也是要防止别有用心的人借办工厂来作乱滋事。
商业税还有另一个重要的内容，就是海关税收。
海关税收也将是未来商家军的一个重要税收来源，而且现在商毅己经开通了马尼拉的贸易航线，同时也取得日本和巴达维亚的通商权，因此海关的成立，也是势在必行了。
其实海关并不复杂，宋明都有类似的组织，当然是叫市泊
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