院君派素来主张“攘夷排日”，所以在事变的过程中发生了杀害日本人、攻击日本使馆的行为，日本大使花房义质被迫出走仁川济物浦，乘英舰回国，日本即以此为借口决定派兵到朝鲜问罪，借机扩大侵略。为阻止日本人“借事居功问罪，得肆要挟之谋”，清政府决定派丁汝昌、马建忠等人入朝相机处理，同时调派吴长庆率庆军六营前往弹压。在马建忠等人的策划下，吴长庆带领当时任庆军营务处会办的袁世凯等人用计拘禁了大院君，并送往国内软禁，从而消除了日本人借机干涉的口实。
在这次行动中，袁世凯因为严于治军、表现勇敢，得到了吴长庆等人的赏识。吴长庆向清政府保举袁世凯，说他“治军严肃，调度有方，争先攻剿，尤为奋勇”。袁也因此被擢升为同知，并赏戴花翎。随后被聘请编练朝鲜新军，其主要目的就是防范日本，形成了中日两国在朝鲜军事改革中的竞争与对立。在吴长庆被调回国后，袁世凯实际上掌握了驻朝清军的领导权，他大力扶植朝鲜统治阶层内部较为亲中的事大党，压制相对亲！日并得到日本人支持的开化党。
为抵制日本对朝鲜的经济渗透，袁世凯积极发展中国在朝鲜的经济力量。他集中力量扩充华商在汉城与仁川的商务，采取了增建华商会馆、扩充租界以及尽力招徕华商等措施，因而中国在朝鲜的商务及中朝之间的贸易往来发展迅速。
不过，初次和日本人交手，袁世凯对明治维新以来的日本的发展状况并没有清楚地认识。在他看来，日本不过是个岛国，根本无法和中国抗衡，所以言谈之间也经常显示出对其实力的不以为然。他曾说:“日人之兵正弱于陆战，我今日所部各军，可尽日人所来知多少尽杀
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