时，中国珍贵藏书、文件等还被日军严密保护。后来曾有1000多名日本专家来到南京，为日本皇家图书馆优先挑选最珍贵的物品，天皇曾亲自过目最珍贵物品的目录。
选中的物品都被编号和打包，用300多辆卡车把这些箱子运往上海，然后装船。这些书的一部分被用来建立位于东京的东亚研究所、东方文化研究所、东亚经济研究所、东亚地方病研究所、大东亚图书馆等。
战后美国经过调查后确认，日本至少有17处地方存放这些战时抢来的书籍，其中有日本皇宫、皇室内宫、靖国神社、东京科学博物馆、东京美术学院、早稻田大学、东京帝国大学和庆应大学。美国占领当局的结论是，日本有300万册从中国各地图书馆抢来的珍贵图书和手稿。日本仅归还了大约16万册，不足6％。