已定下心来走科举应试的老路，终于在崇祯十年得中进士，同年四月，入大理寺规政。先后任南京户部河南清吏司主事、江北浦差分司、长沙知府、湖广分守长宝道副使等职。在江北任上时天灾流行，百姓流离失所。堵胤锡一边开仓赈济灾民，一边大刀阔斧的改革弊政，减轻人民负担，有效地缓解了灾情，度过了难关。商旅中纷纷传唱《福星谣》、《救荒颂》、《关民谣》等歌谣来赞颂他的功绩，堵的老师马世奇也高兴的写信夸自己的爱徒为“五色补天手”。然而尽管才名卓著，堵的仕途却走得并不顺利。他为人强硬，脾气直追汉光武帝的“强项令”董宣，他的一大“爱好”恐怕就是打击危害地方的豪强势力，上至长沙吉王府，下至地方盗匪，只要敢于为非作歹，跟堵胤锡作对者无一不被痛打得抱头鼠窜。因而结怨甚多。时任南京兵部尚书的史可法为此专门接见过他，一见之下即许堵胤锡为当世国士，并委以长沙监军之职。尚未到任，北京陷落的消息传来，福王朱由崧在南京即位。堵胤锡也升任按察司副使，提督湖广通省学政。由监察地方军事改为主管全省教育工作。动荡时期教育事业看似无关紧要，堵胤锡却深知乱世中培养人才的重要性，他全面改革湖广的科举制度，主张将文武合二为一，每科选试分“德行政绩言品”、“制义策论”、“韬略骑射”三场进行。以德行政绩为本，通文武治略者为全才；文武通一者为兼才，只有行绩而文武俱荒疏者为偏才。士子通过三试，量才使用。这种举措自然是应变备战的临时性措施，然而也打破了陈腐的科举八股选拔制度，颇有一点大力推行素质教育的味道。
堵胤锡虽改任学政，但却时时不忘武备，他在民间招募抗清
南明第一疆臣堵胤锡(2/9)