商后，最终定下“剿抚并施”的策略。
实际上，杨嗣昌并不赞同这种做法，他认定对于流寇，只有除恶务尽一条路。最初卢象升受诏北调，推荐候补人选时，杨嗣昌准备推荐第一人选的是现任四川巡抚、以酷烈著称的傅宗龙，但不想熊文灿走了宦官的路子内定了席位，他才临时改荐。
虽然表面上看杨、熊内外同气连枝，但二人的对付流寇的立场其实南辕北辙。熊文灿不善将兵筹谋，短于征战，故此从东南调任至人生地不熟的湖广、河南着实信心不强。崇祯十年九月，他在上任途中路过庐山，与善僧空隐和尚曾经有过对话。当时空隐直截了当说：“公误也。”并以“公自度所将兵足以制贼死命乎”、“然则诸将有可属大事、当一面、不烦指挥而定者乎”连问，熊文灿皆不能答。最后只能当着空隐的面跪在佛像前祈求“抚”策奏效，甚至表示若最终成功，愿意余生削发为僧。但空隐也摇头说出“吾固知公策必出于抚；抚之诚善，顾流寇非刘香比，慎之”的话。
熊文灿本希望以在福建招抚郑芝龙的经验继而招抚流寇，但这样的想法即便是被招抚的流寇，也嗤之以鼻。张献忠就笑着对部属说过“此欲芝龙我也”、“是欲刘香我也”之类的话。他能明白，对熊文灿的心思，杨嗣昌等人也不会瞧不明白。
所以，在朝廷方面主观与客观的双重压力下，熊文灿不可能做到对所有流寇一视同仁，尽数招抚，不得不接受“抚”中带“剿”的现实。但是这种“剿抚并施”的策略却没有一种统一的尺度或者标准，这也直接导致了当下各地主“剿”与主“抚”的管理，包括熊文灿在内各地巡抚基本上都是按照自己的主张分别去“剿”、“抚
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