半年，虽然羽柴秀吉本人已经前往濑户内海，日夜训练水军，准备攻打九州岛津势。织田信长的怒气还没有完全下去呢，再加上他戎马生涯，多次受到伊贺忍者的袭击刺杀。所以恨透了后者。
在将军大人的怒气的引导下，天正九年的【伊贺惨剧】再次上演，整个近畿都开始搜捕伊贺忍者的余党。
其实大部分伊贺忍者都已经在天正九年的伊贺之乱中洗手不干了，但这次他们又非常无奈的被粗暴凶狠的官兵给带上了镣铐，接受严厉的拷问。一些人因为有确切的不在场证明而得以回家，但是也有相当一部分备受折磨。还有一些甚至连忍者都不是的人被无辜拷打致死，因为拷问他们的酷吏，太想得到幕府的缉凶赏金了，于是妻离子散，家破人亡的戏码，在天正十二年的幕府领地内，上演了一出又一出。
就这样折腾了一个多月，还是一点进展都没有，那群忍者像是人间蒸发了一般不见踪影，在织田信忠的劝说之下，织田信长最后只好悻悻的收回了命令。《武州狂言》中，据那时频繁往返于京都与安土城之间的明智敏光所述，这段时间因为拷打而死的人共有七十多个，打伤的足有上千人，而逮捕犯人则将近数万人，遍布整个近畿，至于受牵连的人，更是不计其数。
无论是回家还是被拷打致死，近畿人都在心灵上被狠狠的羞辱了一把。甚至有人做出歌谣：
【公方一怒，兵粮丸加增。
公方再怒，兵粮丸翻番。
公方大怒，兵粮丸多的吃不完。】
兵粮丸是忍者的主食，三次怒则代表织田信长对忍者的三次大规模迫害。忍者的数量越少，一顿饭吃剩下来的
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