在逃出乌鲁木齐后，阿古柏预感到灭顶之灾已经降临，突然死于逃亡俄境的途中。他的死因至今也是个谜。有人说他看死神‘逼’近，索‘性’喝了毒酒一死了之，还有人说，此时的阿古柏已经丧失理智，歇斯底里发作，因一件小事和次子海古拉吵闹打架，拔刀要杀海古拉，结果被海古拉手下的卫兵失手打死，等等。但不管怎么说，比较可信的是，这个双手沾满新疆人民鲜血、罪大恶极的阿古柏，确实是死了。海古拉护送阿古柏尸体前去和哥哥胡里伯克会合，为了防止弟弟前来与自己争权夺位，胡里伯克手下军官穆罕默德?孜牙开枪杀死了毫无思想准备的海古拉。‘阴’谋实现后，阿古柏和海古拉一并被胡里伯克葬在沙漠之中。
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