效地制衡湘军，马新贻还与手中握有淮军的李鸿章暗中结成了联盟。当时，湘军和淮军的军饷主要来源于两江地区，李鸿章为了保留自己的淮军精锐，主动向马新贻求助军饷。马新贻爽快地答应了，大大增加了淮军的军饷，此长彼消，湘军的军饷自然被相应的削减。如此一来，不提马新贻所谓追查太平天国宝藏下落的秘密使命，单是此一项，便是公然得罪了曾国藩和湘军。军饷减少涉及最切身的利益，湘军中大大小小的人物无不因此对马新贻切齿痛恨，甚至包括那些已经退伍的湘军。湘军戾气本重，最终形成了湘军暗斗马新贻和淮军的局面。淮军尚有旧情可念，马新贻则是有怨无恩，首当其冲。
然而，尽管马新贻采取了种种措施来抑制湘军，但他很快就发现他自己确实是过于乐观了。湘军势力根深蒂固，从军队到后勤自成体系，地方割据局面已经形成，别说他马新贻，就是中央朝廷也绝难撼动。虽然他与李鸿章的淮军暗中结盟，但依旧不过是以军饷的利益为纽带，并非牢不可破。实际上，以李鸿章的性格，马新贻真要出了事情，第一个跑的准保就是李鸿章自己。换句话说，老谋深算的李鸿章其实也是在利用马新贻来对付湘军，只不过他在暗，马新贻在明而已。
在没有有力同盟者和支援者的情况下，马新贻上任两江总督两年多徒劳无功就很正常了。他诸多对付湘军的手段并无任何成效，唯一的结果就是造成了他本人与湘军——尤其是与湘军的嫡系和精锐长江水师——嫌隙越来越深。天津教案发生后，曾国藩处理教案不力而身败名裂——传说天津教案本身就是朝中有人有意针对曾国藩——湘军为此愤愤不平，开始在两江滋事。而天津教案还引发了外交
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