午科场案也被视为晚清政治格局的关键转折点。
中国有句古话：“祸兮福之所倚，福兮祸之所伏。”戊午科场案也是如此。表面看起来，肃顺取得了一时的胜利，掌握了全部的朝政，但失败往往就潜伏在胜利底下，而肃顺“不学无术”，“又疏于防患，计智浅露”。戊午科场案扬刀立威后，肃顺加大了整饬吏治的力度，雷厉风行，持法严厉，令大臣谈其为之色变。但其时吏治昏庸腐败，已绝非一人之力所能挽回，肃顺如此严厉酷烈的手段，自然是四面树敌，这也为他日后的悲剧结局埋下了祸根。
咸丰十一年（1861）七月十七日，三十岁的咸丰皇帝病死在承德避暑山庄，遗命肃顺、载垣、端华等八大臣辅佐幼主同治皇帝。同治皇帝生母慈禧太后野心勃勃，勾结恭亲王奕?发动了辛酉政变，肃顺被斩首示众，载垣、端华被赐自尽，其他五大臣或革职或遣，肃顺亲党陈孚恩也被遣戍新疆。肃顺被砍头的地方，就是三年前柏葰丢掉脑袋的菜市口。
肃顺垮台后，朝中便有人想为柏葰翻案。慈禧太后素来痛恨肃顺，却也不敢轻易答应，只是谕令礼、刑两部对戊午科场案重新进行核查。经过反复权衡后，同治元年（1862）正月，慈禧太后以同治帝名义发布上谕，只说当初肃顺等人擅作威福，因与柏葰平日挟有私仇，便借科场案之际，“以牵连蒙混之词，致柏葰身罹重辟”；但柏葰自身也有责任，只不过量刑有点重，为柏葰奏请昭雪的官员未免措辞失当；又念及柏葰为两朝重臣，且办事勤慎，赐柏葰之子柏钟濂四品卿衔；之前参与审案的吏部尚书全庆则被冠上“不能悉心核议”的罪名，降级调用；率先揭发戊午科场舞弊案的御史孟传金也饱受
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