任命马安良为甘肃提督。五月初全部入陕军队撤回甘肃之后，更加加速了甘肃省内局面的复杂话。赵惟熙一面积极倒向袁世凯，一面拉拢甘肃提督马安良。为了巩固自己的地位，他又以袁世凯为榜样，实行个人独裁。
六月下旬，黄钺在北洋政府与甘肃省内封建势力重重压力下，最终不得不宣布按照与省临时议会商定之条件，撤销甘肃临时军政府。根据规定，他将在三个月内将秦州民政、军事大权转移给甘肃军政府！
尽管省临时议会远不是真正地“民意”机关，能够入选议会的都是前清时期甘肃咨议局的那些议员们，议长李镜清也不过只是一个与革命党人有些联系的开明绅士罢了。但由于对赵惟熙“招权纳贿、任用私人”表示过不满，便再也不能被赵惟熙所容忍。七月底，赵惟熙的倒行逆施之举终于终于犯了众怒，省临时议会弹劾甘督赵惟熙未果，致议会开明派与督署封建保守派冲突日烈。赵惟熙借口议会出台不利于回民的政策，利用狭隘的地方观念和民族成见，挑拨、操纵回族将领马安良派兵围困省议会。随后八月中旬议长李镜清被迫辞职，归狄道原籍。议员四散，议会停顿。9月11李镜清被甘肃提督马安良部暴徒刺杀于狄道家中。
九月十四日，马安良重新组织临时议会，推选封建保守派张林焱为议长。在赵、马联手的黑暗统治下，封建秩序又笼罩整个甘肃。不识共和为何物。以周务学、刘尔为核心的封建复辟势力，甚至公开组织“保清会”，开列条件，要求以“特别法治甘肃”。
眼看甘肃政局败坏，已经解职准备南下河南的黄钺连忙电报给孙中山，希望他能过问甘肃的倒行逆施之举。现在中央授权孙中山负责策划全
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