吴绍霆在胡汉民上船北去的当天下午，下令关闭华丽辉煌的政府会馆，将政府会馆归还给当初捐赠的华侨商人。这一举在广州引起了一阵热议，褒贬皆有，不过很快就淡忘下去了。新都督府设置在两广总督府旧址，广州参议院依然留在昔日的将军府。
新都督的上任必然要组建新的政府班子，吴绍霆改军事部制度为军事联席会议制度，他坐在了都督的位置，当然不会让任何人接替自己的旧职。军事联席会议设六个主席，分别由革命粤军三个师师长、参谋部正副参谋长以及参议院副参议长出任；次席若干，由师部、团部、参谋部高阶军官出席。
联席会议制度只是虚设，兵权自然只能由一个人来掌管。
新政府仿效临时政府的内阁分部，暂时拟定为八个部门。
海军部部长由广东水师部队公选，推举“楚泰”号舰长高广征为部长，“广庚”号舰长任光宇为次长。教育部部长为未曾跟随胡汉民北上南京的朱执信，次长为陈少白；新闻部部长莫纪彭，次长邹鲁；财政部长依旧是李煜堂，次长为资产阶级代表张潮安；商务部长张直，次长许雪秋；交通部长为旧官僚代表许汀芳，次长为君宪派代表郑泽生；政务部部长为昔日县府李文本，次长是另外一县县府赵庆新；司法部暂缺。
此外，马锦春为军政府通讯室主任，昔日水师提督李准为海军部顾问以及广东海军学堂筹备处总长，原二十三镇标统李文范任军官处次长兼任黄埔军校高级教官顾问，原二十三标统谭正衢为军事联席会议议长兼广东警察学校筹备处总长。
除了马锦春之外，其他这些迫于形势而屈服的将领吴绍霆并没有完全信任，可是这些人不能放，
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