行政自主权，可以自行组织行政机构、官员、军队、关税制度，但所有费用都由总督府自行承担，而且每年都需要向国内上交一笔税收费用。
而三个总督区分别为：婆夷州区，包括加里曼丹岛、苏拉威西岛、马鲁古群岛，总督府设在苏卡达纳；爪哇区，包括爪哇岛、爪哇群岛、东帝汶群岛，总督府设在巴达维亚；金州区，包括苏门达腊岛，马来半岛等地区，总督府设在马六甲，这样一来，也就确立了中国在南洋地区的实际控制权，同时商毅也下令，将南洋舰队一分为二，分驻广州和马尼拉，以维持中国在南洋地区的军事力量。
另外也规定，每一个总督区在年满五年之后，可以向国内申请建省，正式并入国内。
随后内阁又连续发布了三个法案：《南洋移民法案》、《南洋土地开发法案》、《海外岛屿认领法案》。
《南洋移民法案》规定：愿意移民吕宋以及南洋其他地区的百姓，以户为单位，按每户移民的人口数量，成人可以分配一百五十亩土地，并得到一百五十银元的补足，而未成年人也可分到五十亩土地，五十银元的补足，免费发给农耕用具和耕牛，并且免除三年的田税，但移民之后，在国内的户籍将取消，而且所分得的土地不许买卖，耕作三年之后，按国内的标准收取田税，五年之后土地归该户所有，可以由各户自行分配，买卖。
《南洋土地开发法案》规定：只要是中国的居民，就可以自行认领，所有中国所属的南洋地区空置土地，进行开发耕种，认领数量不限，但在认领之后，就要按照土地的数量，向中国政府交纳税收，在领认之后，土地也不得转让、买卖，政府将对认领土地实行保护，并可以使用在
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