经过了一个多小时的工作，在彦根城的护城河里，用幕府士兵的尸体和泥砂混合，再铺上木板，终于辅出了三条道路，随后爆破组立刻跟进，对彦根城进行爆破。
“轰”的一声巨响，彦根城的城墙升起了巨大的烟雾火焰，城墙被炸开了一个十几米宽的大缺口，中华军的士兵立刻向彦根城发动了全面进攻，从炸开的缺口处杀进了彦根城里。
这时彦根城里虽然还有八九千士兵，但经过了城外一战之后，早己经军心涣散，如果城墙不失，还免强能够撑得住，现在城墙被炸开，中华军的士兵冲杀进彦根城里，任谁也无心与中华军交战，还不等主将下令，就纷纷溃散，从其他的城门逃出了彦根城，也有一部份没有及时逃出的士兵，向中华军投降。
而付责守卫彦根城的四个大名中，松平纲隆、松平赖常、稻叶正则三人带领着败军，逃出了彦根城里，但歧阜城方面败退，而井伊直孝在守天阁内剖腹自杀，因为他是彦根藩的藩主，彦根城失守，他怎么也是脱离不了责任，只能选择剖腹自杀，到下午四时左右，中华军完全控制住了彦根城的局势。
这一次战斗，也是中华军登陆日本以来，进行的一次最大规模的战斗，双方投入战场的兵力相加，以经接近了十万，但中华军仅仅只用了一天的时间，不仅在城外的野战中击败了幕府军的四万大军，并且又乘势攻克了彦根城，取得了这一次战斗的全胜。
取得的战果是，歼灭幕府军一万六千七百二十七人，俘虏一万三千五百八十二人，而中华军一方的损失是，阵亡一百八十七人，受伤三百六十三人，伤亡的人数都是在追击和向彦根城里突击时产生的，另外幕府军留在彦根城里的军用物资，
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