中华帝国征服蒙古之后，也有一些新的制度，首先是将察哈尓和归化城土默特合并，称为内藩蒙古自治区察哈尔府，归化城正式更名为呼和浩特，受帝国的直接控制，帝国将在这里派遣官员，治理地方并驻军守卫，由北京军区管理，治所设在呼和浩特，同时蒙古各盟旗的事务，也都由察哈尔府管理，不过察哈尔府也并不干涉各旗内部的事务，但各盟举行会盟的时候，察哈尔府都要派人参与。
同时商毅还做出决定，五年以后，在察哈尔府成立内藩蒙古自治区政府，仍然坚持蒙人治蒙的原则，由各旗联合组成自治区政府，共同管理自治区内部的事务，当然俱体的制度，将由各旗派遣代表，到察哈尔府先组成一个自治区政府筹委会，大家共同商议制定。
对于成立内藩蒙古自治区政府，各旗旗主的态度都不径相同，有的支持，有的反对，但一来自治区政府是在五年以后才成立，现在时间还早，二来从商毅的声明来看，自治区政府仍然也是坚持蒙人治蒙的原则，而且由各旗派代表参与讨论制定自治区政府的各科制度，因此就是持反对态度的旗主也都暂时没有声张，等到时看一看俱体情况再说也不迟。
最后一点就是在长城内外开设通商口，方便汉蒙两族进行通商贸易，并且允许蒙古和帝国的其他省份进行自甴通商来往。
这一条是最受各旗主的欢迎，因为蒙古地处偏远，经济情况不十分落后，而且物产也十分单一，其本不产粮食作物，因此对于中原的各种物资主要是粮食、茶、糖、盐、铁、棉布、丝绸、药材、木材，金银制品等等的需求量都很大，而蒙古出产的马匹、牛羊、兽骨、皮革制品、奶制品等等，也是中原地区所需要的商品，
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