极力压制军队的社会地位，尽管这样确实是控制住了军队，但却是以牺牲军队的战斗力为代价。
不过相对于各地方驻军，对于中央设制的军事机构，商毅这一次并没进什么改动，依然还是由统战部付责一切，因为现在统战部的行政级别虽然是在内阁之下，但是受商毅直接管辖，而且全国毕竞还没有完全统一，因此暂时还没有必要对统战部进行大动。
而这时也发生了一个小插曲，罗远斌云南也发回来报告，中华军基本己经接管了云南地区，地方上的一切秩序也都基本恢复正常，而原来按照大西军投降的协议，甴大西军的旧部组编的军队也编组完成，孙可望、刘文秀、艾能奇三人也都各自挑选好了自己的士兵，并且也任命了各级军官，因此罗远斌也向统战部询话，这支新编的军队怎么处理，另外李定国的任务也己经完成了，也请求返回南阳去驻守。
接报之后，商毅下令，正式将这支军队定番号为二十六军，军长孙可望、副军长刘文秀，参政长艾能奇，并将二十六军暂时划归淮南军区管辖，立刻从云南开拔，赶赴凤阳，命罗远斌派一个师沿途护送，并强调二十六军，尊守军纪，沿路不许挠氏，而李定国随行，到南京来商议军务。
因为陆军和海军的分布编制确定下来之后，接下来就是对北方的作战计划，而对北方的作战，将由淮南、山东和湖广军区剩畲的部队来付责。
商毅的计划是，三路同时进军，由山东军区负责渡海征服朝鲜，然后以朝鲜为跳板，直接进入辽东，彻底断绝清廷的后路，而淮南军区付责直接进军北京和山西，湖广军区的剩畲的部队付责进攻陕西，当然这一次对北方作战的重点，就是渡海征服朝鲜，
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