甴皇帝直接调动，在必要的时候，也可以支持其他各军区的战斗，第一任中央警卫军团司令员由原来商毅的卫队长吴亮担任，原来商毅卫队中的黑人卫队也都全部划入中央警卫军团中，不过另一位卫队长，也是新帝国的洋国舅出使欧洲，还没有回来，因此他的位职暂时保留。
而在旧有的军区中，保持着过去番号的，只有山东和南京两个军区，江西军区的番号正式取消，全部改为云南军区，南方的广东、南京、云南、四州四个军区的总部、部队、军区司令官都确定在下来，这样也可以保证南方的基本稳定。
不过北京、东北、甘肃这三个军区只是预定，毕竟这三个军区所在的地区都还没有划归入新帝国的版图中，因此湖广和淮南这两个军区也都暂时保留下来，等收复了陕西、山西、河北、东北辽东之后，再来进一步安排。
另处现在帝国的兵工厂都设在南京和杭州两地，因此在全国统一之后，也要考虑在其他地方再开建几个兵工厂，至少要保证一个兵工厂供应的军区，不能超过两个。
海军部的划分就相对简单，目前全部舰队，将分为二支舰队：北洋舰队和南洋舰队，北洋舰队总部设在山东登州，南洋舰队总部设在广东广州，双方的防以长江入海口为界，长江以北的海域归北洋舰队管，长江以南的海域归南洋舰队管。
舰队最高长官称为舰队司令官，级别等同于军区司令官，舰队下可设分舰队，最高长官称为分舰队司令员，级别等同于军分区司令员，每支舰队下设三到四支分舰队，毎支分舰队由二十五到三十支舰船组成，其中主力战舰、辅助战舰和通讯战舰的比例为六比三比一，不过两支舰队中各有一支内河分舰水，
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