父子之情，则对自己更为不利。
后来郑成功英年早逝，郑芝龙被清廷处死，郑成功心情悲痛，也被认为是一个重要的原因，因为郑芝龙死于顺治十八年（1661年）十月初三，而郑成功逝于次年五冃初一，前后仅相差半年多的时间。
而中华军的将士们对商毅的这一决定也并没有异议，因为在中原大战中，郑军和中华军一起并肩作战，虽然建树不多，但也确实发挥了一定的作用，并没有拖后腿。因此从清廷换回他的父亲和弟弟，大多数将士们也都能够理解。当然还有一点就是中华军的将士们并没有把阿巴泰父子当一会事，就算有人一时有点想不通，但只用一句“下次咱们再把这爷两抓回来就行了。”也就释然了。
当然商毅并不会用郑芝龙来胁迫郑成功，因为从另一时空的历史中就知道，在大原则上，郑成功是不会被父子之情所左右。因此郑芝龙一家到了南京之后，商毅招待了他们几天，并且向郑芝龙表示了自己并不想和郑成功交战的意思，也不会扣留郑芝龙一家为质，而是会很快送他去泉州和郑成功团聚，只是希望郑芝龙能够劝说郑成功，不要陪着一个全无希望的朝廷殉葬。
不过在同时商毅也向郑芝龙郑重的指出，现在中华军己经在向福建发动进攻，如果郑成功依然不做决定，或者一定要为绍武朝廷尽忠，那么中华军就会马上向泉州进攻，决不留情。
这一次能够虎口余生，郑芝龙只到现在还有几分如在梦里的感觉，就在清廷输掉了中原大战的时候，郑芝龙己经有了大难将至的感觉，因此也做好了随着被清廷所杀的觉悟，博洛将他一家带走的时候，郑芝龙还以为这是大限终于来了。而得自己将被交换到南京，
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