在台湾封存，作为台湾的厍存物资，金银随以后的税赋一起解往南京入府，枪支火炮火药匀拔给台湾的驻军使用。
同时内阁也下令到台湾，正式宣布台湾为省级行政区，仍然由沈寿崇出任省长，设台北、台中、彰化、台南、琉球五府，基隆、高雄、澎湖为州治，并以赤嵌城为基础，修建台南城，改热兰遮城为安平镇。并甴沈寿崇在组织台湾省的各级行政机构，并在台湾当地的汉族中推荐各级官员的人选，将名单和履历上交南京审核，同时还有清仗土地，整理岁赋，统计人口，安抚当地土蕃等等事务。
沈寿崇当然也十分高兴，因为现在南京政府加上刚占领的河南省，一共也才八个省，台湾虽然地方不大，但正式成为省级行政区之后，就是第九个省，而自己这个省长的官职，换到明朝，就等于是台湾巡抚了，也算是高级的地方大员，这是许多官员梦寐以求的事情。
按照眀朝的惯列，封为地方大员，都要到京城去领取官印，并当面谢恩，这一点南京政府也继存下来，因为在这个时代交通不便，一省之长职责重大，也需耍进行当面交待一些重要的事务。因此沈寿祟也打算在新年之后，启程去南京面见商毅。
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其实在台湾正式建省，在南京政府中也引起了一场不小的争议。因为台湾的地方并不大，而且在此以前，台湾虽然也称为省，但却是甴浙江省代管。在明朝的时侯，台湾是由福建省管理，因此在不少官员看来，一个小岛丸弹之地，也独建一省，实在是有些多此一举，反正现在南京要对南方用兵，等打下了福建之后，把台湾移交给福建管理，也就可以了，何必要单建一省呢？
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