始把主要精力都放在菲律宾战争上。
这时先头部队已经出发了一个半月，南京只收到了一次先头部队发回报告，得知先头部队已经到达了马尼拉，入主商馆，马尼拉局势虽然十分严峻，虽然西班牙人还没有开始大规模屠杀华人，但在与当地土著冲突中死亡华人已经超过了一百人，而且西班牙人也已经开始介入冲突，在先头部队到达马尼拉前一天，西班牙总督府正式下令，命令所有华人服从总督府命令，交出武器、保持克制态度，不许使用暴力，就可以保证其人身安全。而随船一起到达马尼拉洋和尚们，也马上展开了交涉活动。
因为从菲律宾到南京，一去一来至少也要一个月以上时间，因此现在收到消息也只有这些，不过李华梅海盗舰队也发回消息，已经全员出发，赶去支援马尼拉先头部队。商毅也稍稍安心，先头部队加上李华梅海盗舰队，在马尼拉坚守几个月，应该不成问题。不过虽然是如此，但也不能掉以轻心，还是尽快派遣大规模舰队去菲律宾才好。
其实在处理这些事故时候，舰队和军队都已经准备齐全，随时都可以出发，但一直没有动身原因是，商毅决定这次出兵，将由自己亲自带队出战。
这个决议也遭到四名内阁成员全体反队，虽然们都赞同出兵马尼拉，保护海外华人，但都不赞同商毅亲自出马，因为商毅是南京政府主心骨，说白了就是南京政府皇帝，当然不可轻易出动，万一商毅离开南京，清廷再度发动南侵又该如何应付。而且海上不同于陆地，万一遭受风浪凶险，后果实在是不堪设想。因此就像去年对琉球、日本一样，派一员大将带队就可以了。
不过商毅仍然坚持己见，认为这些理由都不充足
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