且把临时的指挥部设立在上元府。
商毅刚刚把防守的兵力分派完，只有西安门外大街和珍珠桥十八街这两条街布置好了防守的兵力，其他几个街道和地区的驻守军队才刚刚出发，清军就以经从皇城中杀出来了。因此商毅也立刻下令，驻守西安门外大街的特种兵营立刻出动，向清军发动进攻，以吸引清军的兵力，好为其地各路军队进入自己的防区蠃得时间。而预备队马上在街上布置防守阵地，准备接应。
清军也是从皇城的西安门里杀出来的，在今天晚上，清军由主将韩岱率领，同时从正阳门和朝阳门，向南京发动了突然进攻，虽然驻守这两门的黄得功率领本部人马，进行了顽强的抵抗，但这时清廷潜入南京细作的另一部份人员，也城里开始行动，首先在朝阳门内发动袭击。
虽然皇城里的细作在和商家军的战斗中，处处受制，但在其他明军的战斗时，却打得心应手，充份发挥他们个人武力出众，近战能力强的优势，很快就朝阳门打开了缺口，清军趁机也在城外发动猛攻，首先攻破了朝阳门，然后分兵两路，一路由东安门攻入皇城，一路沿城墙来支援正阳门的人马。
因此守卫正阳门的人马同样也抵挡不住，立刻弃守了正阳门，而黄得功也带领着人马，由通济门逃出，沿着秦淮河向东败逃。
攻破了正阳门之后，清军也立刻向北直进，经由洪武门、承天门、午门一路杀进皇宫里。这时的皇城根本就没有任何的抵抗之力，因此两路清军都长驱直入，在紫禁城里的太和殿前会师。而被商家军击败的袭击皇宫的清廷细作这时也又赶来与清军汇合，并指引着清军从西安门杀出，追击商家军。
出了皇城之后，清军在
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