士英又立刻上书，吓唬朱由崧说：“为臣一旦离京而去，四镇皆失势，朝中大臣们肯定拥立潞王为帝”。
同时和马士英一起拥立朱由崧的秉笔太监卢九徳，也在宫中痛哭流涕的劝说朱由崧：“皇上您如无马公，不可能正大位。如果逐出马公，天下人皆会认定皇上是忘恩负义。而且，马公在内阁，万事担当，皇上可以整日悠闲自在。如无马公，朝臣有谁肯顾惜皇上？”
朱由崧在别的事情上虽然糊途，但牵扯到皇位，智商也立刻能提升几个档次，一想也确实是这么回事，因此立刻又重新召马士英回朝，并委以内阁首辅之职。同时又下旨封马士英推荐的阮大铖为兵部左侍郎兼右佥都御史。
与此同时高弘图、吕大器、姜日广、刘宗周等人，也都不安于位，纷纷离职而去。从此之后朝政大多都被马士英和阮大铖把持。
公正一点的说，虽然在拥立福王这件事情上，马士英确实是耍了东林党一把，但在拥立这个问题上，东林党本身做的事情也不地道，甚致可以说是把拥立大功拱手让给了马士英。
而且马士英并非是一无事处的人，在许多方面的能力还强不少东林党人，在南明成立的早期，也未必没有一些振作的想法，如果东林党能够接现实，承认马士英的执政权力，双方精诚合作，到也不是不可能把南明的局面维持下去，只可惜东林党并不甘心接受失败的局面，一心只想斗倒马士英，根本就不顾大局。而且过去了十几年，东林党的斗争手段仍然一点长进都没有，一如当年与魏忠贤相斗时那样拙劣，还是只会上书，也不想想，在东林党和马士英之间，皇帝会支持那一方。
虽然有吴甡在其中尽力周旋，希望能够保持
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