商毅接到自己晋升的圣旨之后，也下令将抓获的王维如一行人放了，当然是美其名曰交给马士英来发落。马强在当了十几天俘虏之后，这一次也幸运的又逃脱了出来。
新皇帝也有了，众大臣该封的也封，该赏的赏了，但这也并不就等于从此之后，南明朝廷就太平无事了，事实上更多的麻烦才刚刚开始，首先是北方还不安定，大顺军、清军都是南明的敌人，现在清军己占领北京，而大顺军败走陕西，南明坐收江淮，但在三者之间，河南、山东等地带，还存在着一个巨大的缓冲地区，三方势力在这里犬牙交错，怎样处理这一地区，可是一个重要的问题，而比这个问题更重要的，还有为崇祯办理丧事，以及崇祯的庙号、追谥等等事宜。
而对第一次权力分配并不感到满意的各集团，也围绕着这些问题，在朝廷中，又开始酝酿着新一轮的争吵斗争。
同时也有相当一部份官员对南京朝廷、对新任的皇帝，对东林党都感到了相当的失望，因此也纷纷弃职而去，山东总督曾化龙，也就是其中之一。而另一位山东大员布政使孟宏恭则暂时没有封给官职，在杭州闲居，等南京朝廷选出新的山东巡抚之后，仍然回山东上任。
在曾化龙离开南京吋，商毅也去送他，两人相对半响，却都没有说一句话。最后曾化龙才说了一句：“好自为之。”然后扬长而去。
商毅看着他远去的背影，也不禁苦笑不已，事实上南明南京朝廷的条件，比历史上南渡的东晋、南宋在立国初期的条件都要好得多，不仅有一套完整的行政机构，还有相当数量的军队，因此在北京被攻破不到两个月的时间里，就组成了一个结构完善的政权纟统。
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