不知道卢九德等人的暗中行动，在感情上还是倾向于东林党，而且也甘心身居史可法之后，成为新朝廷的第二位人物，并非一些史料所说，是假意答应史可法，而在暗地里己经准备耍阴谋了。因为在他与史可法达成协议之后，还曾经邀请南京各部官员都赴浦口，来当面宣布这一决定，借以显示自己是参与定策迎立桂王的第二号人物。
但令马士英没有想到的是，南京六部的大臣都认为凤阳总督不过是地方高级官员，根本无权号召朝廷大臣，因此都没有理釆马士英，也令马士英颜面大跌。局势也就在这些不经意间的地方，发生了微妙的变化。
自感扫兴的马士英回到凤阳，才得知卢九德己经伙同高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王为帝，开始是大吃一惊，尽管高杰、黄得功、刘良佐三人在名议上都是马士英的部下，但事实上各自手里都有几万兵马，马士英并没有能力完全控制住他们，因此事情显然是无法改变了，同时马士英也意识到，另一个更大的机会，出现在自己的眼前。因此马士英也立即转向，同高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王。
这时史可法还不知道马士英己经变卦，在他给马士英的信中，陈述3朱由崧的“七罪”——贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司。结果这封信也戌为马士英要挟史可法的手段和证据。
结果马士英以凤阳总督和三镇名义，正式致书南京守备太监韩赞周，宣布将拥立福王朱由崧为帝。为了震慑南京的官员，还说：“听闻江南有人尚持异议，谨率兵五万，驻扎江干，以备非常”，用意十分明显，就是以武力胁迫。
南京的各大臣得知这一消息的时候，
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