在政权建设的同时，李自成还展开了血腥手段，清除异己，以更独揽大权，在军中建立自己的绝对权威。在当时，李自成部实际是由李自成、罗汝才、革、左五营三支力量组成。虽然以李自成实力最大，但另两支也不容小视。于是在崇祯十六年（1163年）三月，李自成诱杀了罗汝才和革、左五营领头的贺一龙，革、左五营的另一位头领马回回逃到湖南。而李自成收编了罗汝才的部份和革左五营的其他三营。随后李自成又纵兵消灭了活动于河南一带的小袁营，首领袁时中被杀。
至此，李自成己拥有河南、湖北之地，拥兵五十余万，而且大权独揽，以经拥有了争取天下的实力。
这时张献忠的势力尽管还不如李自成，但在攻取了武昌之后，又收编了部分罗汝才和革、左五营的旧部，实力大增，便也学着李自成的样子，在武昌建立起自己的政权来。而且他比李自成还更进一级，自称西王，以楚王府为王宫，称明朝为朱朝。同时还颇有附庸风雅之意，还完起了开科取士的游戏，还录取了状元、进士，并授以官职。
两位农民军的大佬都开始向着正规化的方向发展，在这种情况下，崇祯自然是坐不住了。正好这时陕西总督孙传庭上疏主动请战，要统兵东出潼关，进取河南之地。崇祯正是无人可用之时，难得孙传庭主动请缨出战，自然是大喜过望，立刻就要下诏调孙传庭出关平寇。
不过朝中也有不少官员认为孙传庭出关是冒险之举，因为孙传庭部几乎是崇祯的最后家当了。一但有个闪失，不仅关中难保，而且还会危及全局，因此孙传庭还是应该暂时呆在陕西不同，视吴甡督师的结果而再作决断。
但内阁首辅陈演
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