商毅首先确定，对军队正式定名为商家军。对这个名字，军中的诸将都没有反对意见，因为在明朝本来就出现过一支以主将姓氏命名的军队——戚家军，有这个先例在，别人也说不出什么来。而且这支军队也确实是商毅一手创建起来的，商毅不仅是这支军队的最高指挥官，同时也是全军的精神支柱，可以说一但商毅不在了，这支军队就会立刻瓦解。
按照商毅的想法，第一团将留守在穆陵关，以第二团和第三团，骑兵营和两个侦察连为主力，出兵南下，第五团为预备队，第四团付责运送粮草物资。这一点相当重要，因为打仗从一定程度上说，就是拼后勤，尽管按明朝的规定，军队所到的地方，都由当地提供粮草，但商毅现在可不敢相信明朝各地的官员，另外穆陵军是以火器为主的军队，对后勤的依赖相当大，就算地方上能提供粮草，也不可能供应弹药，因此还是自立更生为好。
按照商毅制定的标准，毎个团应该配备的主要火器是一千八百多支火枪和二十门火炮。
而商家军原来有火枪两千多支，这段时间以来，又修复和制造了一部份火枪，而且商毅从北京又拉回来了大量的火枪火炮，因此目前全军共有各种火枪五千五百多支，俱体为：燧发枪加上改装的共八百余支，鲁密铳一千二百余支，鸟铳三千二百余支，自行生产的火枪三百余支。迅雷铳四十八支。火炮六十六门，其中有两千斤红夷大炮六门，一千斤红夷大炮六门，一号佛朗机炮八门，二号佛朗机炮十六门，三号佛朗机炮八门，四号佛朗机炮六门，虎蹲炮十六门。
按现在的火炮、火枪数量，缺口还很大，仅仅只能够装配三个团。对此商毅决定，将第二团和第三团按标准配
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