本来按商毅的想法，还计划引入后世共和国军队的政治委员这一职位，在连、营一级设立政治指导员，团级以及未来的旅、师、军团、纵队设立政委，以加强对全军的政治思想教育和控制，但目前自己手头上缺少有文化并接受自己思想观念的军事人员，另外在大明朝还在的情况下，在军队中设立政治委员这样的职位，也过于敏感了，因此商毅只能暂时取消这个打算，等以后再说。
对商毅这的安排，众将都没有意见，一来商毅在众将心目中有很高的威信力，他的意见在一般情况下，都没有人会反对。二来在这个时候，天下大乱，军队的编制方式其实也没有一个严格的规定，而团长、营长、连长这类叫法都是各级军官的名称，和官级大小并没有关系，因此众将虽然都觉得很新鲜，但并没有什么不妥的地方。
这样一来，全军目前共分为五个团、毎个团的标准人数为三千三百八十三人，可以成为一个独立的作战部队。另有两个独立营，毎个营的标准人数在八百四十二人。
各团的军官人选分别是：一团团长唐镇、副团长蒋义渠、参谋长鲍铜钢；二团团长周少桓、副团长童大勇、参谋长黄震；三团团长成进、副团长成钢、参谋长赵英杰；四团团长王信、副团长赵英豪、参谋尤洪亮；五团团长罗远斌，副团长刘伯涛、参谋长赵拓。
两个独立营分别为骑军营和侦察营，骑军营的营长由杨武丞出任，而侦察营的营长为周琦、副营长为吴汉生，四个连的连长分别是何冲、田楚、张达江和段鹏。
按照商毅的计划，每个团的备配为两个全火枪兵营；一个火炮营，拥有火炮二十到四十门左右，由一个炮兵连操纵火炮，一个铺助连，使用
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