在这过程中，军官们本着宁杀错、勿放过的原则进行清洗，有很多人其实没有替清兵做过太多坏事，只不过向清军提供了些粮草就人头落地。
第二镇在惠来一带竟然杀了一千多人，其中有很多只是百姓，只因为他们不愿听从太平军的命令南迁。接到报告后，周士相眉头大皱，准备下令制止这种滥杀行为。
徐应元再次劝阻，他道眼下是战时，太平军在潮州根本无法建立官府，也无法做到一一甄别。倘若真那样做了，一来时间赶不上，二来也没有这么多的识字断文的官吏，三来也容易给奸小可趁之机，所谓乱世当用重典，既然太平军东征潮州是为了放干潮州的鲜血，让潮州成为赤地，就不必循规倒矩，有什么妇人之仁，先行杀光彻底控制住局势再说。总之，不管是冤还是不冤，已经杀了的就没法把人救活，现在能做的就是尽量将活着的百姓完好无损，不挨饿不挨冻的迁到惠州，然后送到广州去。(。)