北征凯旋而归，臣经过思南大岩山时听到三呼万岁的声音。”吕震接着说：“这是山川显灵啊！”成祖说：“山谷之间由于空旷而发出回声，按理是有的，吕震你身为一国大臣，不能辨别是非，反而因之献媚，难道这是君子事君之道吗？”
成祖初次出巡北京时，命皇太子留守，当时吕震奏请皇帝，约定日常事务由太子处理，奏章分别由南京六科保管，等皇帝回朝之日一并相奏，成祖也表示同意。朱棣再次出巡，吕震请示照以往那样办，成祖在北京因事要看奏章，侍臣说：“留在南京。”成祖忘了以前的约定，说：“奏章应随皇帝送到行宫，难道礼部另有规定吗？”他又问吕震，吕震深恐触怒成祖，说：“礼部并无规定，奏章应送到行宫。”成祖如此问了吕震三次，吕震始终不敢直说。于是成祖大怒，以“擅留奏章”之罪杀了给事中李能，朝臣都知道李能是冤屈的，但因畏惧吕震都不敢为李能辩白。礼部主事尹昌隆因小事，得罪了吕震而遭吕震陷害，妄加“目无国君”之罪而下狱，抄家，数年后，吕震亲自断狱，他挟私怨报复，将尹昌隆处以极刑，并株连其族人。
吕震兼太子少师，不久升太子太保兼礼部尚书，仁宗分派群臣出外祭祀山岳大川及前代帝王陵，吕震请求去祭周文、武、成、康诸王，顺道回家看望母亲。他祭祀太庙设斋散发后，在西番僧舍痛饮，大醉而归，一夜之间得暴病而亡。