随朱元璋，开始了他们自身历史最重要的阶段。不久，元降将祝宗、康泰叛乱，镇守江西的武将邓愈逃跑，叶琛被俘。祝、康劝说叶琛投降，叶琛宁死不屈，大骂叛贼，被杀害。墓葬丽水县西南40里高溪黄坛岭。追封为南阳郡侯，入祀于功臣庙。明代，巡按御史王献之在处州府治南建造“三贤祠”，祀奉中丞章溢，南阳侯叶琛，缙云伯胡深。
叶琛英年殒身，未能在历史舞台上像刘基一样施展其韬略，大展鸿图。但他作为“浙东四先生”之一，为明朝的建立作出贡献，在历史上留下重重的一笔。宋濂在《叶治中历官记》中叙述了叶琛的经历后说“夫不知人之善，不知知善而不能扬不仁。余虽不敏，颇以文字为职业，不敢喑无一语，谨书一通，以俟他日传循史。”
叶琛之弟叶现，被举荐到南京，明太祖命他赋诗，得到好评，授通州勾管，不久升府判，有惠政，擢升南雄知府。主政期间筑堤储水，灌田万余顷，百姓称所筑堤为“叶公坡”。宋濂赞他“饬己廉介，操心仁恕”。祀于名宦祠。