会发生叛乱。”听完这番话，曹操十分后悔这么快就让裴潜回来，几十天以后，果然又传来三个单于造反的消息，曹操只得派鄢陵侯曹彰为骁骑将军，前去征伐他们。以后裴潜出京担任沛国相，调任兖州刺史，曹操途经摩陂，对兖州整齐的军阵赞叹不绝，特地加以赏赐。
曹丕称帝后，裴潜入朝任散骑常侍，又出京任魏郡、颍川典农中郎将，掌管屯田地区的农业生产、民政和田租。他不断向朝廷举荐人才，从此农官仕途逐渐通达。后调任荆州刺史，赐爵关内侯。明帝曹睿即位后，裴潜入朝担任尚书。后出任河南尹，转任太尉军师、大司农，封清阳亭侯，食邑二百户。后又入朝任尚书令，进言庄正，量才任官，甄别人品能名实并重，制定判断官府事件的条文一百五十多条。后因父亲去世辞官守孝，拜光禄大夫。
正始五年裴潜去世，被追谥为太常，谥号贞侯，其子裴秀继承了爵位，裴潜临死留下遗言，命家人为他从俭办丧事，因此坟墓中只置备了一个座位和几件瓦器，其余一无所有。元帝曹奂成熙年间，其子裴秀曾任尚书仆射。