于长沙组成长沙临时大学。1938年春又迁往昆明，改校名为国立西南联合大学。期间不但损失了很多珍贵书籍和研究成果，而且法律学系的部分师生奔赴抗日前线后，也折损了不少法律精英。
1946年5月，西南联大结束，三校复员，北京大学重迁北平后，法律学系与政治学系、经济学系合为法学院。之后遇到解放战争，幸喜北平和平解放，北大安然无恙。只是从1957年到十年浩劫前，由于“反右”、“反右倾”、“大跃.进”等政治运动和劳动的增多，法律学系正常的教学、科研活动受到冲击，政治色彩也更浓，法学开始变味和被迫妥协。
只是灾难并没结束，之后真正残酷的打击来自于十年浩劫。在那十年动荡中，打破旧秩序是主流，作为秩序维护者的公检法三家机构都被砸得稀巴烂，社会秩序被破坏殆尽。作为公检法人才输送摇篮的各个大学的法律学系都受到了非常严重的冲击，绝大部分被撤销，北大自然也不例外。
1970年，北大宣布了取消法律学系的决定。在那个特殊年代里，所有法律学系的教职员工冒着生命危险团结起来，不断地据理力争，甚至以生命为代价去抗争，最终才使法律学系得以保存，成为当时全国仅有的两个免遭解散厄运的政法院系之一。
由于教职员抱成一团，最后基本没有被强行分散，图书资料也基本没有流失，为以后恢复教学和研究工作保存了力量，算是留存了一份火种。
当然，损失也是惨重的。1966—1971年6年间法律学系没有招生，也没有其它形式的教学活动，法学研究和教学工作都被停顿下来。
1972年，一批教师在刚刚得到平反之
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