黄兴因为不同意孙中山把陆皓东生前所设计的青天白日旗充当未来的新国旗，两人之间发生激烈冲突。这场冲突的更加内在的原因，其实是孙中山“素日不能开诚布公、虚心坦怀以待人，作事近于专制跋扈，有令人难堪处故也”。
在日本外务省政务局跟踪宋教仁的秘密档案中，保存有宋教仁对于孙中山更加激烈也更加彻底的否定意见。1908年11月23日，宋教仁表示说：“像孙逸仙那样的野心家做领导人，中国革命要达目的，无论如何也是不可能的。我们相信，在真正的大首领出现之前，努力钻研有关的政治的书籍是得体的。”
随后在评论《每日新闻》所刊登日本著名经济学家根津一的东亚同文会演说时，宋教仁进一步表示，无论是孙中山的势力还是康有为的势力，都难望得到永远存续。“到国会终于开设时，肯定会有新人物出现，代表汉族抵制满族，这是必须的趋势”。
在1910年12月与日本朋友串户真左树的谈话中，宋教仁再一次表示说：“孙逸仙已是落后于时代的人物，不足以指导革命运动。”
正是基于这样的立场判断，1911年7月31日，宋教仁与他的前辈同乡谭人凤（石屏）联络陈其美（英士）、于右任、潘祖彝、杨谱笙等人，在上海成立不再承认孙中山为总理的同盟会中部总会，并且致力于在长江流域开展革命活动。
1913年1月8日，宋教仁从常德来到长沙，当天下午在由湖南都督谭延闿出面主持的国民党湖南支部欢迎会上发表演说。据《长沙日报》在《国民党湘支部欢迎宋教仁先生大会纪事》中报道，宋教仁谈到了自己与谭人凤（石屏）、陈其美（英士）、黄兴、孙武、
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