，当时中国通晓西医的人才极为稀少。普通的诊治技术、实验设备更是无从谈起，甚至起码的验尸和解剖实验，都不为法律所允许。从民众来说，由于科学知识的缺乏，民众对传染病的观念也十分淡薄，更不知如何预防，仍循有旧的生活习惯。因此伍连德等人此次远赴东北疫区，不仅担负着抗击人类第一号烈性传染病的重任，而且要克服落后的医疗卫生条件，还要用科学的方法与一些固有民俗做顽强抵抗。
通过对医学界已有成果的研究和深入疫区分析病例，以及徐天宝事先的点播，伍连德少走了很多弯路，很快便确定了1910年东北大鼠疫鼠疫菌的贮存宿主是旱獭，并弄清了鼠疫杆菌能通过飞沫传播。为了防止医护人员感染鼠疫，伍连德在徐天宝的帮助下，给每个医护人员都配备了加厚的二十四层纱布口罩，有效地减少医护人员的风险。
伍连德把东北的鼠疫确定为“肺鼠疫”，提出“肺鼠疫”的结论和防治方法后，一开始并没有被日本、法国、俄国等国鼠疫专家顺利接受。法国籍的北洋医学堂首席教授梅尼1911年1月2日到达哈尔滨，曾要求由他代替伍连德来担任东北防疫的统管，他不听伍连德的建议，仍然按照防治腺鼠疫的老经验，在哈尔滨的医院里，梅尼未加任何防护地检查了四个病人。11日，梅尼教授就去世了，显然他是被传染了。
这个轰动事件，使伍连德的方法被推广开来：病人送往鼠疫医院，接触者被隔离，所有人佩戴加厚的口罩（后来被称为“伍连德口罩”），调动军队封城，切断交通，以及焚烧尸体。整个防疫局势被扭转了
伍连德的疫情控制手段严格而刻板，规矩虽然复杂，但运行良好。他的方
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