迭对于他们这些土司来说，影响不算是太大，只要他们表示顺服，今后便还可以继续给大中朝打工，所以云南各地土司在这个时候也纷纷宣布投顺大中朝，并且集结土兵，帮着大中军对付永历小朝廷的军队。
结果是短短三个月的时间，永历小朝廷的军队便纷纷被大中军击溃，降的降死的死，永历帝也不得不卷铺盖继续走人，眼看着中国境内已经基本上都被大中朝控制，他已经是逃无可逃，于是永历帝便在几百名忠心耿耿的侍卫的保护之下，从云南逃入到了缅甸王国境内。
大中朝天元三年五月，云南宣布全境归服大中朝，至此肖天健的大中朝也完成了对整个南方的控制，包括海南岛在内，五月间大批大中军海军在雷州出发，渡海在海南岛登陆，海南岛上的琼州府三州十三县的官员心知无力反抗，于是一个月不到的时间，便纷纷宣布归降大中朝，接受大中朝的统治。
消息传到南京城之后，朝野顿时一片欢腾，每个人都长长的松了一口气，奔走相庆，庆贺大中朝自此之后，总算是可以安稳下来了。
肖天健得知云南和海南岛都被收复的消息之后，也立即开怀大笑了起来，当即便在宫中设宴庆祝，当晚险一些喝的酩酊大醉。
他之所以这么高兴，除了收复了整个南方诸省，平定了永历之乱以外，还有几件事情让他非常高兴。
一个就是去年他下旨筹建的大中朝南京太学院在年后终于在南京城外落成开始授课，第一批从全国各地遴选出了近八百名学子入学，成为了历朝历代规模最大的一次太学招生，而且今后每年还会继续从全国招录同样数量的学子入学，学制四年，四年之后太学的生员数量将会达到三千人的规
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