几乎根本不理朝政，但是正因为内阁大学士撑着大明的门面，皇帝不管事但是政务却照常进行，也没有因为皇帝不理朝政而导致大明垮台。
所以某种程度上这种制度，还是有一定的好处，起码可以让皇帝抽出身，来做些其他事情，更何况他搞出这个内阁大臣的制度，也不是说就不理朝政了，重要的事情他还是会盯紧的，而且早朝也不会废掉，更多的实物性的事务，完全可以交给内阁大臣来处理，这样的话他便可以抽身出来。
于是肖天健便在七月间将卢象升从北京调回了南京，虽说大中朝定都北京的事情已经确定，但是肖天健也留出了两年的缓冲期，目前大中朝的政治中心还是在南京，而且北方在建奴山海关大败退回关外之后，再加上有罗立、李定国等大将驻守北方，短时间之内，不管是建奴还是蒙古人都不敢再轻易犯边，而且卢象升在这一年时间里，也将顺天府的事务处理的差不多了，留着他在北京也是浪费，故此肖天健干脆便将卢象升调回了南京城。
通过和诸臣商议之后，肖天健在大中朝组阁，建立起了一个内阁大臣制度，卢象升充任第一任内阁总理大臣，至于诸部的尚书，则全部入阁充作协理大臣，另外肖天健还令孙传庭也进入到了内阁之中，作为一个协理大臣，帮助卢象升来做事。
这些大臣们的行政能力都是相当强的，上面再加上有肖天健来掌舵，有卢象升这个公心甚重之人来主持内阁，肖天健没有什么不放心的。
于是在八月的时候，内阁便开始了运转，各种繁琐的政务开始移交到了内阁之中进行处理，一般的事情内阁大臣商议之后，便可以以内阁的名义批复下去执行，一些大事特别是军务方面的事
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