炼、农学、水利、机械力学抑或是藩语之中，选修一项以上的学科，学制五年，在完成五年学制，通过考试，所有必修和选修的学科全部达到要求之后，方能由吏部选用。
吏部今后则根据他们的所学专业，将其派往各部门任职，总之通过这种手段，改革之前中国历朝历代选官的做法。
而那些学有所专的传教士，则需要一边学习汉语，一边在太学院之中任教，对此传教士也提出了要求，想要在太学院之中开设一门神学，来传播他们的天主教，肖天健考虑之后，为了调动这些传教士的积极性，同意了他们的要求，不过他另外要求传教士在太学院之中设立神学可以，但是神学却只能作为业余选修课，让生员自由选择，而且神学不作为考试内容，来影响到太学生今后的仕途。
如此一来，肖天健总算是可以在中国建立起一座中国第一座近现代的大学了，这让肖天健比剿灭李自成还要高兴数倍。
对于肖天健的旨意，朝中官员和读书人对此颇有微词，不少人认为这么做是太过崇尚西学，影响到了士子们读书，但是肖天健可不管他们这种反对的意见，现如今他大权在握，一切都是他说了算，这些人反对可以，但是却不能影响到他推行新学的意志，新设太学院必须要按照他的要求筹建起来，而今后的选官，也要逐步从太学院的生员之中选拔。
这么一来，今后大中朝的官员，假如想要获取官身，便唯有走太学一途，只要假以时日，这种规矩进行下去，逐步的便可以改变读书人的想法。
当然，仅仅有这么一座太学院是远远不够的，今后肖天健决定不但要在南京设立太学院，而且北京也要设立一座太学院，逐步的在每个
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