准备不足，以至于四月间运河上的漕船时常遭到溃兵抑或是大股匪盗的洗劫，除了损失不少物资之外，还影响到了一些船民，使得不少船民不敢再驾船北上替大中军运送物资。
后来肖天健不得不在路上拖延了一些时日，从各地抽调了一批兵马，沿途加强对运河两岸的防御，另外边走边打，还改编了不少明军降兵，令其分块分区清剿辖区内的溃兵流匪，这才使得运河上的行船安全开始得到了保障，减少了被袭击的次数，另外他还调派水师部分兵将，随船队一起行动，护送船队北上，每支船队里面安排一些武装人员押运，另外每条船队里面编入一两条装载了不少轻型火炮的战船，护送船队，这才遏制住了一些湖匪水盗猖獗的劫掠大中军的物资船队。
可是换来的则是运输成本的剧烈增加，改编的这些降兵，无疑也要消耗相当多的粮食，既然他们已经摇身变成了大中军的一员，肖天健自然是不会再让他们自己解决吃饭问题了，所以从南方运送上来的粮食物资，其中很大一部分都被这些新编的兵马给消耗掉了。
所以对于肖天健的大中朝来说，刚刚立国，便立即发动一次这样大规模的战事，对于他们君臣来说，压力之大无疑是显而易见的。