，不断的在大运河沿线各地流窜抢掠，不少官兵以及各地的豪绅，干脆便利用他们在当地地形熟悉而且人脉比较广的优势，化身为了水盗，在运河上开始对大中军的运输船只进行劫掠。
这种情况在肖天健领兵夺占了徐州之后，便开始变得日益严重了起来，虽说肖天健令大中军水师也转进入大运河之中，负责保护大批征调的漕船转运物资，可是这些水盗们却可以利用大运河沿途星罗棋布的各种湖泊藏匿行踪，不断的对漕船船队发动袭击，这帮水盗其实也并非就是忠于大明王朝，他们更多的时候是出于自身利益出发，根本没有任何组织性和纪律性，在运河上他们能抢则抢，不能抢他们便放火烧毁大中军的船只，可以说这种破坏，仅仅是出于对大中军的报复，根本没有任何理由可讲。
所以他们的行动，对于大中军后续的物资转运补充造成了很大的破坏，运输物资的船只连连被抢或者被烧，为大中朝服务的那些船民也屡遭这些水盗的屠杀，搞得肖天健几乎天天都可以收到漕船被劫的消息，令肖天健大为光火。
本来这些物资对于新成立不久的大中朝来说，是非常不容易才想尽办法收集起来的，又通过消耗大量的银钱才组织起来北运的，可是途中却被这些不成气候的水盗所劫掠，甚至于白白的放火烧毁，对于大中朝造成的损失之大，几乎无法用数字来统计起来。
所以原本肖天健往往接受了官军的投降之后，都是立即将其解散，尽可能的安置到地方去恢复农业生产，可是当这种情况屡屡发生的时候，肖天健不得不改变了最初的策略，开始将这些降兵们进行整编，派出麾下精干军官们，接管这些降兵，转而将他们放在了运河沿线，负责清
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