了朝廷中枢，而和珅时代大部分省一级高官被撤换。《剑桥中国晚清史》记载，嘉庆四年（1799年）初，尚在其位的十一个身居要职的官吏中，六个被迅速撤换，他们是：驻南京的总督、陕甘总督、闽浙总督、湖广总督、云贵总督，以及漕运总督。次年又撤换了河道总督二人。
借诛和珅的东风，一次反腐高潮在全国兴起。在“求直言”运动中，一大批贪官被揭露出来，受到严惩：湖南布政使郑源涛公开卖官，并且定下官职售价，被定罪斩首；云贵总督富纲在任内索贿，被判绞刑；湖北安襄郧道台胡齐崙在镇压白莲教过程中，贪污军需银三万两，被抄家处绞；武昌同知常丹葵，借办匪案为名，任意勒索百姓，被人举报，丢官罢职……
当然，大事中的大事，还是白莲教起义。自从登基以来，熊熊燃烧的起义烈火一刻不停地灼痛着他。太上皇乾隆调集了十七省的兵力，三年间先后花费军费七千万两，可是起义烈火不但没有被扑灭，反而有越烧越旺之势。嘉庆深知，这是关系大清王朝生死存亡的大搏斗。事实上，他之所以不惜冒违反“三年无改”之教的风险，雷厉风行地全面扭转父亲的政策，核心目标就是为了除掉这个大清王朝的心腹大患。求直言、惩腐败，也都是围绕这一核心而展开的布局。
通过惩办贪污和人事调整，一个更强有力的后勤保障体系初步建立起来。通过百官的直言进谏，皇帝对军队中长期存在的腐败、权力分散、战略失当、军纪涣散等问题有了更深入的了解。川楚军营的腐败在此时已经发展到了几乎不可收拾的地步。统兵将领无不滥支军费，纳入私囊。由于军费被大肆侵吞，士兵甚至到了难以存活的程度。赴陕的豫兵，
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