此时兵部省所关辖的舰船仅有3艘“富士山”号，“东”号。“千代田”号)和4艘运输船“飞龙”号，“飞隼”号，“快风”号，“长鲸”号)。这是因为在军务官时代所管辖的舰船中，有许多是老朽或不适用的，它们都被归还给了各藩。而这以后的几年内，日海军也并无有什么实质上的发展。1869年8月。维新政府购买了1艘运输船“大坂丸”号。次年，萨摩藩和山口藩各自贡献了2艘军舰，佐贺藩，熊藩。丰津藩和静冈藩也各奉献了1艘运输船。1871年，山口藩和佐贺藩又分别献出2艘和1艘军舰。这些船舰均划规兵部省管辖。兵部省于1872年1月13日上书太政官：“海陆军情况迥然不同，其官员不可兼任，须将两种军职分开。故奏请批准废除兵部省。分置海军省和陆军省。”对此，太政官准奏。并于1月13日回复：“诸君提议分别设置海，陆军省，以简化军务，节省费用，谋求两军之强大，实为护国之道，亦是各国建军规律，故须按兵部省奏折从速改革。”1873年12月25日，任命胜海舟为海军卿。同时，各藩将所有战舰全部上交政府，但大多是些破旧舰船，不堪一用，后来又都陆续的还给了各藩。
事实上，现在的日海军能真正用来打仗的，只有“东”号和“龙骧”号等几艘战舰。
而自从以山县有朋为首的长州藩士把持了日陆军之后，由萨摩藩把持的海军就成了小二子，对海军来说非常重要的海军卿一职，自从胜海舟去职之后，竟然一直是空着的，所以才有了今天御前会议上陆军的山县有朋大讲海军的奇怪景象，
“帝国海军现有‘东’号、‘龙骧’号两艘铁甲舰，为远东最为强大之战舰，清国
二百九十二章 御前会议(7/9)