元培、陈其美等同盟会骨干成员入阁，担任农林、教育、工商总长，使同盟会会员在政府中占据多数。
唐绍仪勤于公务，注重办事效率，使政府呈现一派新气象。
袁世凯习性大权独揽，对唐绍仪推行责任内阁制，事事处处遵规约法，甚为不满，在用人、财政、遵守《临时约法》规定的总理附属权等问题上，两人的裂痕加深。
唐绍仪拒绝袁世凯的亲信赵秉钧，私自安排北洋旧人入阁，赵秉钧竟以辞职相威胁。
在筹款方面，唐绍仪反对英、美、德、法四国银行团，提出的监督中国财政的无理要求，引起了袁世凯和财政总长及四国银行团的合伙攻击。
1912年6月初，直隶省议会选举王芝祥为直隶都督，袁世凯不予承认，并抛开总理附属权，公布另行任命。
唐绍仪见《临时约法》已遭到破坏，愤而提出辞呈，时任总理不足3个月。