反对，因此借用了“格物致知”的“物”字，主要职责是科研与推广智学和职业技能教育，将原先礼部的部分职责分了过来，设置这一部的目的，自然是为了让大宋已遥遥领先全球的科技优势得到保持；“医”部全名是“医药与民力部”，其主要责任是改善全民医药条件，在最短的时间内增加大宋人口，设立这一个部，赵与莒颇冒了些争议；“商”部是此次天子设立诸部中引发争议最多的一部，自古以来商人地位便是不高，但大宋如今税收有八成以上仰赖工商，工业归了工部管辖，可随着国内贸易与海外贸易的兴盛，这商业与商贾由谁来管辖便成了一个巨大的问题，朝中有见识的大臣也都知道有必要设立专门管辖商业的机构，但长期以来商人地位偏低，使得提出这样的建议必然会冒上风险，最后赵与莒不得不亲自提出。
原先的六部职能也有所更改，比如说礼部，组织考试的职能已经交至物部，目前主管的是礼仪、文宣和归化事宜。这样调整之后，一些新兴的社会变动便反应在朝堂机构设置之上。
丞相、参政与十二部，再加上原先的一些监、司、府等，便构成了所谓的外朝，除外朝之外，赵与莒改革和强化了博雅楼，由原先的博雅楼学士改任内阁，丞相兼任博雅楼总理大学士，对应十二部，另外分设十二大学士及诺干侍学士，而总理大学士之下又设秘书监，秘书监名义上是辅助总理大学士处置政务，实际上却是直接对天子负责。这些全部加起来，被称为内阁
外朝与内阁的关系，在这份明定国是诏中又有严格规定，外朝为天子之下处置国处的最高机构，丞相为外朝之首领，对天子负责。外朝制定大政、方略，报经天子审阅、
三五六、官制改革(5/7)