坚持斗争，曾与皇甫嵩一起密谋诛杀董卓，后因董卓与皇甫嵩言和，感到自己势力弱小，只得作罢。
一次，董卓问王允：“不知谁最适合担任司隶校尉？”
王允不假思索地回答：“只有杨勋合适。”虽然明知董卓与杨勋之间矛盾很深，王允毅然推举了杨勋。
在与董卓表面敷衍的同时，王允暗中积极组织和筹备反董卓的斗争，首先与司隶校尉黄婉、尚书郑公业等人共同商议诛杀董卓的计策。
为了控制武装力量，王允等人极力向皇上推荐、保举羌校尉杨瓒行使左将军权力；举荐执金吾士孙瑞担任南阳太守，令其借讨伐袁术为名，领兵出道武关，实则为多路夹击董卓作准备。
士孙瑞的行动引起了董卓怀疑，决定把士孙瑞留在都城。王允听说后，便顺从董卓意思，擢升士孙瑞为仆射。另外又擢升杨瓒为尚书，为最后反击董卓聚集力量。
初平二年（一九一年），董卓封王允为温侯，食邑五千户。
王允想拒绝，士孙瑞对他说：“大事没成功前，不能有丝毫破绽，董卓加官进爵，朝廷百官都瞻仰您的崇高品节，何乐而不为呢？不要因意气而误了大事！”王允一听有道理，便受命听封。
初平三年（一九二年）春，自然灾害严重，阴雨连下两个多月。王允和士孙瑞、杨瓒等人借登台祭祀乞神之机，紧急商议谋杀董卓的行动计划。
士孙瑞严肃地说：“自从去年岁末以来，太阳阴晦不照，淫雨连绵不断，这种暗无天日的日子应该有个尽头。现在时机基本成熟，如果不把握天机，先发制人，恐怕后患无穷啊！”
王允很赞同
十五 董卓跋扈施淫威 王允巧计除奸贼(7/10)