各地农民武装，有的由明转暗，有的化整为零，有的采取其它形式，仍然坚持斗争。青州黄巾一度发展到拥众百万，后来因作战失利，被迫接受曹操的收编。曹操平定冀州时，张燕领导的黑山军也被迫投降。
黄巾起义失败，除了由于出现叛徒仓促起义、缺少战略指挥领袖、各自为战难以统一指挥等原因外，汉末名将卢植、皇甫嵩和朱儁直接指挥汉军精锐部队，加上曹操、刘备、孙坚等后起豪强的强力围剿，力量悬殊过大，加速了起义的失败。
黄巾起义虽然失败了，但却震撼了东汉朝廷，导致东汉政权名存实亡。黄巾起义是继秦末陈胜吴广、王莽时期绿林赤眉之后的又一次大规模的农民起义，是我国历史上第一次借助宗教发动的农民起义，为双手沾满义军鲜血的“英雄好汉”、“贤达智能”此后的纷争鼎立作出了铺垫，为后世的农民起义树立了榜样。《史歌》称颂黄巾起义说：
“民发如韭剪复生”，农民起义不间断。
东汉后期百十次，“鸡头被割”复鸣喊。
贪官污吏不可畏，民不可轻众难犯。
河北巨鹿人张角，起义领袖率民反。
义军以方为单位，三十六方数十万。
黄巾裹头黄巾军，计划周密组织严。
“苍天当死黄天立”，矛头直指汉政权。
“岁在甲子天下吉”，一八四年甲子年。
张角广宗患病亡，张宝张梁浴血战。
义军各地燃战火，斗争延续二十年。
农民起义虽失败，东汉政权被震撼。
正如当代伟人所说：“只有这种农民的阶
七保性命董卓兵败撤围，求太平张角饮恨身亡(9/10)