传教士们，认为利玛窦过于迁就中国人，影响了天主教的“纯正性”，发展教徒速度太慢。在利玛窦去世之后，开始改变利氏的传教路线，采取激进式的传教方式，坚决排斥儒家思想，严禁中国教民祭天、祭祖、拜孔子，激起了社会人士的反感与怀疑。
明神宗万历四十三年（1615年），沈榷到南京任礼部侍郎，他崇信佛教，对天主教毫无好感。当时，天主教在南京建立了教堂，教务有很大的发展。1616年，沈榷向万历帝写了几封信，信中极力批判天主教的教义和教徒，认为他们对皇帝和中国的文化都很不尊重。他站在儒家的立场上，提出了种种理由，列举了一系列证据，完全否定了天主教，甚至说天主教的历法也破坏了中国人的道德秩序。还说在华天主教传教士与白莲教有染，图谋不轨。当时已加入了天主教的徐光启上疏辩护不果。
沈榷最初的两次尝试并没有成功，第三次他联合了皇帝的一位亲信和其他几位高官共同攻击天主教。一些传教士如王丰肃、谢务禄等在南京被逮捕，朝廷宣布了天主教的一系列罪行，七月十二月庞迪我、熊三拔等人从北京被押解澳门。他们所建立的教堂被拆毁，一些墓地也遭到破坏。
这是明朝末年西洋传教士在华的第一次重大挫折，传教士们被驱逐，在中国内地几乎无立足之地，史称“南京教案”。这次教案持续了三年的时间，直至1621年沈官员被撤职。
听完骆思恭的叙述，高杰若有所思道：“这么说，如今的大明，对这帮来自神圣罗马教会的传教士的态度有所转变咯？”
骆养性略一沉吟，回答道：“这我倒并不清楚，似乎并无正式的通告！不过，当朝首
第三百零五章 南京教案(2/6)