“诏以原官兼兵部尚书守通州”，统筹全局。孙承宗首先晓以大义，安定了军心。其后协调各路军队，联合行动，经数月艰苦作战，取得“遵永大捷”，并于崇祯三年（1630）五月将后金军驱逐出关。
孙承宗再任辽东经略后，仍坚持以积极防御为主的方针，继续加强宁锦防线，决心重筑被高第毁弃的大凌河、右屯二城。崇祯四年（1631）七月，令祖大寿等率兵四千守大凌河，又征发一万四千人筑城。八月六日，动工筑城才二十天左右，大凌河城墙刚刚修完，雉堞仅修完一半，后金突然兵归城下，并于当天开始围城，明军仓促闭门拒战。“承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宗伟往救”。但宁远巡抚邱禾嘉“屡易师期，伟与襄又不相能，遂大败于长山”。至十月，大凌河已被围三月，守军粮尽援绝，祖大寿假降奔还锦州，“城复被毁”。大凌河失守，引起了明廷内部的互相倾轧，“延臣追咎筑城非策，文章论禾嘉及承宗”。孙承宗连疏引疾，求退。崇祯帝为平息朝议，准其归籍，孙承宗第二次被排挤下台。
崇祯十一年（1638），后金（清）兵深入内地。十一月九日围攻高阳。赋闲在家的孙承宗率全城军民与之血战。三天后，城破，孙承宗被俘，因拒不投降，被活活勒死。死后谥号文正。﹝当作文忠,见明史本传﹞著作有《高阳集》。
孙承宗遗留的军事著作有《车营扣答合编》。这是他在督师蓟辽，经营辽西防务时，筹划反攻辽东与其属下讨论军事问题的记录整理而成的。全书共一百零八个问答，由《车营总说》、《车营百八扣》、《车营百八答》和《车营百八说》等四部分组成，通过问、答、说、图等对车营编组方法、营
八十、孙承宗(6/7)