对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后主使者。
东林党人还在“京察大计”中力图整肃吏治。“京察”和“外察”是对官吏进行考核的两种制度。“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用。万历二十一年的京察，主持者是吏部尚书孙考功、郎中赵南星和左都御史李世达，他们都比较正直不徇私情。文选员外郎吕胤昌是赵南星的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，都因考评不佳被罢黜。东林党也借此机会罢黜了一些与内阁大臣交往很深的官员。到了万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，就把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们借机斥逐东林党的官员。到了万历四十五年，浙党首领又当上了内阁首辅，这一年的“京察大计”，东林党人受到很大的打击。这样一来，就形成了一种朋党混争的局面，东林党人的政治主张也和他们排除异己的动机纠缠不情了，给攻击他们的人制造了口实。
神宗时期，神宗长时间不上朝理政，久居深宫过着"每夕必饮，每饮必醉，每醉必怒”的生活，身边的侍者办事稍不称意"辄毙杖下"。且又极其贪婪，恨不得把天下财货都搜刮进宫中供其挥霍。把大批太监派作"矿使”、"税监”前往各地横征暴敛，搞得民怨沸腾。他把朝廷官员的任免都丢在
十八、东林党(5/7)