海军是高技术兵种，巴西海军的中高层军官百分之八十以上出身上层阶级，因为佩德罗二世不合时宜的改革，大部分地主、贵族放弃了对他的支持，不过面对帝制统治的终结和政治权力遭受严重削弱的后果，约四成的海军官兵选择效忠帝国皇储，期望跟随伊莎贝拉公主打回里约热内卢，夺回中央政府控制权。
巴西共和政府掌控海军军舰的行动不像掌控陆军那般顺利，1879年8月21日，300余名海军官兵擅自离开军港，驾驶两艘中型护卫舰向北部海域驶去，8月23日，七名中层军官策划煽动海军士兵控制剩余的三艘铁甲舰投奔伊莎贝拉，结果被警觉的军港守备司令发现，及时制止了他们的行动。
海军人心浮动，主力军舰吨位流失近一半，中下层军官流失约七成，大踏步接收中部、南部各地区军事控制权的共和派政府陡然间，遭遇到一个严重的挫折。
海军实力的流失与削弱，一方面导致共和政府对海军不信任态度的加剧，大量出身贵族家庭的海军军官被勒令禁止登上军舰，剩余的三艘铁甲舰和十余艘军舰被集中到里约热内卢军港内，由丰塞卡派出的陆军部队严格把守港口炮台和出入口，预防海军投奔北方的事变再次发生。
另一方面，伊莎贝拉公主一行两千余人抵达
巴伊亚州首府萨尔瓦多，凭借伊莎贝拉帝国皇储的身份和加西亚上将、福罗伯特公爵、埃贝尔中校等保皇党将领在军队中的影响力，驻守萨尔瓦多的一万五千余中央军宣誓效忠伊莎贝拉公主，此后，加西亚上将和福罗伯特公爵将跟随伊莎贝拉公主从里约热内卢逃脱出来的军官分派到一万五千名士兵中，对萨尔瓦多的
第三百一十八章 南北分裂(2/5)